Definita la “Chiesa delle Monache”, la chiesa di Santa Maria Maddalena era annessa al Convento che ospitava suore appartenenti all’ordine delle Clarisse. Venne costruita nel 1609 dopo la morte del vicario foraneo don Berardino Galassi, con i proventi della vendita dei suoi beni (ammontanti a circa seimila scudi d’oro) in esecuzione delle disposizioni testamentarie nelle quali il prelato espresse la volontà di lasciare una somma di denaro per tale scopo.
Le religiose presenti nel Convento, si dedicavano all’educazione delle figlie del ceto civile – particolarmente se appartenevano a famiglie decadute finanziariamente - all’istruzione delle virtù muliebri (leggere, scrivere, cucire, ricamare ed altri lavori), all’insegnamento della buona morale e alla civilizzazione dei costumi. Le suore accoglievano in convento anche le figliuole infelici del basso ceto, tirate via dalla strada, le provvedevano di vestiario e di ogni sostentamento e le impiegavano come persone di servizio.
L’attuale struttura risale al 1777, anno in cui il tempio venne riedificato sotto il titolo di Santa Maria Maddalena come indica un’epigrafe inserita in una decorazione a forma di conchiglia, posta sotto il dipinto che raffigura Maria Maddalena ai piedi della croce. I verbali delle Visite Pastorali effettuate dai vescovi sipontini ci attestano la presenza di alcune cappelle e degli altari di Santa Maria della Pietà, del Santissimo Rosario, di Santa Maria del Monte Carmelo, di Sant’Antonio da Padova.
Nel 1925 Padre Pio volle che nei locali del convento venisse realizzato un ospedale, l’Ospedale Civile San Francesco, che rimase attivo sino al 1938.
Ora l’antica chiesa è stata completamente ristrutturata e l’edificio è stato sconsacrato ed i locali adibiti a sala convegni e per attività culturali.
La Chiesa venne decorata nel 1935 con i pregevoli dipinti a tempera del pittore milanese Natale Penati, che purtroppo sono andati distrutti con il crollo delle pareti: Maria Maddalena ai piedi della Croce, San Francesco predica agli uccelli, Santa Chiara respinge i Saraceni mostrando l’ostensorio con la Santa Eucarestia.
